據國家藥品監(jiān)督管理局2018年10月16日最新發(fā)布消息，其主要職責如下：
      （一）負責藥品（含中藥、民族藥，下同）、醫(yī)療器械和化妝品安全監(jiān)督管理。擬訂監(jiān)督管理政策規(guī)劃，組織起草法律法規(guī)草案，擬訂部門規(guī)章，并監(jiān)督實施。研究擬訂鼓勵藥品、醫(yī)療器械和化妝品新技術新產品的管理與服務政策。
（二）負責藥品、醫(yī)療器械和化妝品標準管理。組織制定、公布國家藥典等藥品、醫(yī)療器械標準，組織擬訂化妝品標準，組織制定分類管理制度，并監(jiān)督實施。參與制定國家基本藥物目錄，配合實施國家基本藥物制度。
（三）負責藥品、醫(yī)療器械和化妝品注冊管理。制定注冊管理制度，嚴格上市審評審批，完善審評審批服務便利化措施，并組織實施。
（四）負責藥品、醫(yī)療器械和化妝品質量管理。制定研制質量管理規(guī)范并監(jiān)督實施。制定生產質量管理規(guī)范并依職責監(jiān)督實施。制定經營、使用質量管理規(guī)范并指導實施。
（五）負責藥品、醫(yī)療器械和化妝品上市后風險管理。組織開展藥品不良反應、醫(yī)療器械不良事件和化妝品不良反應的監(jiān)測、評價和處置工作。依法承擔藥品、醫(yī)療器械和化妝品安全應急管理工作。
（六）負責執(zhí)業(yè)藥師資格準入管理。制定執(zhí)業(yè)藥師資格準入制度，指導監(jiān)督執(zhí)業(yè)藥師注冊工作。
（七）負責組織指導藥品、醫(yī)療器械和化妝品監(jiān)督檢查。制定檢查制度，依法查處藥品、醫(yī)療器械和化妝品注冊環(huán)節(jié)的違法行為，依職責組織指導查處生產環(huán)節(jié)的違法行為。
（八）負責藥品、醫(yī)療器械和化妝品監(jiān)督管理領域對外交流與合作，參與相關國際監(jiān)管規(guī)則和標準的制定。
（九）負責指導省、自治區(qū)、直轄市藥品監(jiān)督管理部門工作。

（十）完成黨中央、國務院交辦的其他任務。

國家藥品監(jiān)督管理局機關各司局主要職責
綜合和規(guī)劃財務司
一、機構職責
負責機關日常運轉，承擔信息、安全、檔案、保密、信訪、政務公開、統(tǒng)計、信息化、新聞宣傳等工作。對重要政務事項開展督查督辦。組織開展應急管理和輿情監(jiān)測工作。擬訂并組織實施發(fā)展規(guī)劃和專項建設規(guī)劃，推動監(jiān)督管理體系和信息化建設。承擔機關和直屬單位預決算、財務、國有資產管理及內部審計工作。組織起草綜合性文稿和重要會議文件。
二、處室設置及工作分工
（一）綜合處（信訪辦）
負責司內綜合事務。承擔信訪工作。組織協(xié)調年鑒編撰工作。
（二）秘書一處
承擔黨組機要秘書工作。起草綜合性文稿、年度藥品安全發(fā)展報告、藥品安全形勢分析報告。負責調研管理和政務信息工作。
（三）秘書二處（應急辦）
承擔會議管理、領導秘書工作。負責編寫《每日要情》。組織開展值班值守和應急管理工作。
（四）文電保密處
負責文電運轉、機要、印章、保密、公文審核和檔案管理工作。組織辦理全國人大代表建議和政協(xié)委員提案。
（五）督查處
承擔重要政務事項督查督辦。負責政務公開和政府信息依申請公開工作。
（六）新聞輿情處（新聞辦）
承擔新聞宣傳、輿情監(jiān)測工作。組織協(xié)調科普知識普及工作。
（七）規(guī)劃處
編制藥品監(jiān)督管理中長期發(fā)展規(guī)劃、基礎設施建設規(guī)劃、中央預算內投資計劃并組織實施。承擔扶貧、援藏援疆工作。指導開展網絡安全和信息化工作。
（八）預算審計處
編制預算、決算并監(jiān)督預算執(zhí)行。組織協(xié)調中央補助地方專項資金項目并監(jiān)督實施。承擔審計和內控管理工作。指導直屬單位財務、資產管理和政府采購。指導房改辦公室工作。
（九）財務處
承擔局本級預算、決算、財務管理、合同審核、資產管理、政府采購工作。歸口管理后勤服務合同。

政策法規(guī)司
一、機構職責
研究藥品、醫(yī)療器械和化妝品監(jiān)督管理重大政策。組織起草法律法規(guī)及部門規(guī)章草案。承擔規(guī)范性文件的合法性審查工作。承擔執(zhí)法監(jiān)督、行政復議、行政應訴、重大案件法制審核工作。承擔行政執(zhí)法與刑事司法銜接管理工作。承擔普法宣傳和涉及世界貿易組織的相關工作。承擔全面深化改革的有關協(xié)調工作。承擔疫苗質量管理體系QMS辦公室日常工作。
二、處室設置及工作分工
（一）綜合處
負責司內綜合事務。組織開展行政審批制度改革。承擔普法宣傳工作。
（二）政策研究處
組織開展監(jiān)管政策和法律制度研究。承擔全面深化改革的有關協(xié)調工作。承擔疫苗質量管理體系QMS辦公室日常工作。
（三）法規(guī)處
組織起草監(jiān)管法律法規(guī)及部門規(guī)章草案。承擔規(guī)范性文件的合法性審查工作。
（四）執(zhí)法監(jiān)督處
承擔執(zhí)法監(jiān)督、行政復議、行政應訴、重大案件法制審核工作。承擔行政執(zhí)法與刑事司法銜接管理工作。

藥品注冊管理司（中藥民族藥監(jiān)督管理司）
一、機構職責
組織擬訂并監(jiān)督實施國家藥典等藥品標準、技術指導原則，擬訂并實施藥品注冊管理制度。監(jiān)督實施藥物非臨床研究和臨床試驗質量管理規(guī)范、中藥飲片炮制規(guī)范，實施中藥品種保護制度。承擔組織實施分類管理制度、檢查研制現場、查處相關違法行為工作。參與制定國家基本藥物目錄，配合實施國家基本藥物制度。
二、處室設置及工作分工
（一）綜合處（藥品改革辦公室）
承擔司內綜合事務。承擔藥品審評審批制度改革辦公室日常工作。參與制定國家基本藥物目錄，配合實施國家基本藥物制度。
（二）藥物研究處
組織擬訂并發(fā)布國家藥品標準。組織擬訂并監(jiān)督實施藥物非臨床研究、藥物臨床試驗質量管理規(guī)范。
（三）中藥民族藥處
負責中藥民族藥、天然藥物的注冊管理工作。組織實施中藥品種保護制度。監(jiān)督實施中藥飲片炮制規(guī)范。組織開展中藥民族藥研制環(huán)節(jié)檢查，組織查處相關違法行為。
（四）化學藥品處
負責化學藥品的注冊管理工作。組織擬訂處方藥和非處方藥分類管理制度。組織開展化學藥品研制環(huán)節(jié)檢查，組織查處相關違法行為。
（五）生物制品處
負責生物制品的注冊管理工作。組織開展生物制品研制環(huán)節(jié)檢查，組織查處相關違法行為。

藥品監(jiān)督管理司
一、機構職責
組織擬訂并依職責監(jiān)督實施藥品生產質量管理規(guī)范，組織擬訂并指導實施經營、使用質量管理規(guī)范。承擔組織指導生產現場檢查、組織查處重大違法行為。組織質量抽查檢驗，定期發(fā)布質量公告。組織開展藥品不良反應監(jiān)測并依法處置。承擔放射性藥品、麻醉藥品、毒性藥品及精神藥品、藥品類易制毒化學品監(jiān)督管理工作。指導督促生物制品批簽發(fā)管理工作。
二、處室設置及工作分工
（一）綜合處（經營指導處）
承擔司內綜合事務。承擔深化醫(yī)藥衛(wèi)生體制改革工作。組織擬訂并指導實施藥品經營、使用質量管理規(guī)范。
（二）監(jiān)管一處
擬訂中藥生產監(jiān)管制度和中藥材生產質量管理規(guī)范并監(jiān)督實施。組織指導中藥生產環(huán)節(jié)的現場檢查、質量問題處置和重大違法行為查處工作。
（三）監(jiān)管二處
擬訂化學藥品生產監(jiān)管制度和藥品生產質量管理規(guī)范并監(jiān)督實施。組織指導化學藥品生產環(huán)節(jié)的現場檢查、質量問題處置和重大違法行為查處工作。
（四）監(jiān)管三處
擬訂生物制品生產監(jiān)管制度并監(jiān)督實施。組織指導生物制品生產環(huán)節(jié)的現場檢查、質量問題處置和重大違法行為查處工作。指導督促生物制品批簽發(fā)管理工作。
（五）監(jiān)管四處
擬訂放射性藥品、麻醉藥品、毒性藥品及精神藥品、藥品類易制毒化學品等特殊藥品的生產、經營監(jiān)管制度并監(jiān)督實施。組織指導特殊藥品的監(jiān)督檢查和重大違法行為查處工作。
（六）藥物警戒處
擬定藥品不良反應監(jiān)測和藥物警戒制度并監(jiān)督實施。擬訂藥品抽檢制度和年度計劃并組織實施，定期發(fā)布質量公告。組織開展藥品再評價工作。

醫(yī)療器械注冊管理司
一、機構職責
組織擬訂并監(jiān)督實施醫(yī)療器械標準、分類規(guī)則、命名規(guī)則和編碼規(guī)則。擬訂并實施醫(yī)療器械注冊管理制度。承擔相關醫(yī)療器械注冊、臨床試驗審批工作。擬訂并監(jiān)督實施醫(yī)療器械臨床試驗質量管理規(guī)范、技術指導原則。承擔組織檢查研制現場、查處違法行為工作。
二、處室設置及工作分工
（一）綜合處
負責司內綜合事務。協(xié)調推進醫(yī)療器械審評審批制度改革工作。
（二）注冊一處
組織擬訂醫(yī)療器械注冊管理制度并監(jiān)督實施。承擔有源醫(yī)療器械、體外診斷試劑注冊、高風險有源醫(yī)療器械臨床試驗審批工作。組織開展相關產品研制現場檢查，組織查處相關違法行為。
（三）注冊二處
組織擬訂醫(yī)療器械臨床試驗管理制度、質量管理規(guī)范并監(jiān)督實施。承擔無源醫(yī)療器械注冊、高風險無源醫(yī)療器械臨床試驗審批工作。組織開展相關產品研制現場檢查，組織查處相關違法行為。
（四）注冊研究處
組織擬訂醫(yī)療器械標準、分類規(guī)則、命名規(guī)則和編碼規(guī)則并監(jiān)督實施。

醫(yī)療器械監(jiān)督管理司
一、機構職責
組織擬訂并依職責監(jiān)督實施醫(yī)療器械生產質量管理規(guī)范，組織擬訂并指導實施醫(yī)療器械經營、使用質量管理規(guī)范。承擔組織指導生產現場檢查、組織查處重大違法行為工作。組織質量抽查檢驗，定期發(fā)布質量公告。組織開展不良事件監(jiān)測并依法處置。
二、處室設置及工作分工
（一）綜合處
負責司內綜合事務。開展醫(yī)療器械監(jiān)管制度研究。
（二）監(jiān)管一處
組織擬訂并依職責監(jiān)督實施有源醫(yī)療器械、無源醫(yī)療器械生產監(jiān)管制度和生產質量管理規(guī)范。組織指導其生產的現場檢查，組織查處其生產環(huán)節(jié)重大違法行為。
（三）監(jiān)管二處
組織擬訂并依職責監(jiān)督實施體外診斷試劑及臨床檢驗器械的生產監(jiān)管制度和生產質量管理規(guī)范。組織指導其生產的現場檢查，組織查處其生產環(huán)節(jié)重大違法行為。組織擬訂并指導實施醫(yī)療器械經營、使用質量管理規(guī)范。
（四）監(jiān)測抽驗處
擬訂醫(yī)療器械不良事件監(jiān)測管理制度，組織開展不良事件監(jiān)測并依法處置。組織質量抽查檢驗，定期發(fā)布質量公告。組織開展醫(yī)療器械再評價工作。

化妝品監(jiān)督管理司
一、機構職責
組織實施化妝品注冊備案工作。擬訂并組織實施化妝品注冊備案和新原料分類管理制度。組織擬訂并監(jiān)督實施化妝品標準、分類規(guī)則、技術指導原則。承擔擬訂化妝品檢查制度、檢查研制現場、依職責組織指導生產現場檢查、查處重大違法行為工作。組織質量抽查檢驗，定期發(fā)布質量公告。組織開展不良反應監(jiān)測并依法處置。
二、處室設置及工作分工
（一）綜合處
負責司內綜合事務。統(tǒng)籌化妝品監(jiān)管能力建設。
（二）監(jiān)管一處
擬訂并組織實施化妝品注冊備案和新原料分類管理制度。組織擬訂并監(jiān)督實施化妝品標準、分類規(guī)則、技術指導原則。
（三）監(jiān)管二處
擬訂化妝品檢查制度，檢查研制現場，依職責組織指導生產現場檢查，組織查處重大違法行為。組織質量抽查檢驗，定期發(fā)布質量公告。組織開展不良反應監(jiān)測并依法處置。

科技和國際合作司（港澳臺辦公室）
一、機構職責
組織研究實施藥品、醫(yī)療器械和化妝品審評、檢查、檢驗的科學工具和方法。研究擬訂鼓勵新技術新產品的管理與服務政策。擬訂并監(jiān)督實施實驗室建設標準和管理規(guī)范、檢驗檢測機構資質認定條件和檢驗規(guī)范。組織實施重大科技項目。組織開展國際交流與合作，以及與港澳臺地區(qū)的交流與合作。協(xié)調參與國際監(jiān)管規(guī)則和標準的制定。
二、處室設置及工作分工
（一）綜合處（港澳臺處）
負責司內綜合事務。承擔外事管理和護照簽證管理。承擔與港澳臺地區(qū)的交流與合作。指導開展非官方交流與合作。協(xié)助開展境外檢查。
（二）科技處
組織研究實施審評、檢查、檢驗評價的科學工具和方法，以及補充檢驗方法等。擬訂并監(jiān)督實施實驗室建設標準和管理規(guī)范、檢驗檢測機構資質認定條件和檢驗規(guī)范。組織實施重大科技項目和國際合作項目。
（三）國際組織處
承擔與國際組織和機構間的交流與合作。協(xié)調參與國際監(jiān)管規(guī)則和標準的制定。
（四）雙邊合作處
組織開展政府間的雙邊交流與合作。承擔相關合作協(xié)議的擬訂和實施等工作。組織開展監(jiān)管法規(guī)外文文本的審定工作。

人事司
一、機構職責
承擔機關和直屬單位的干部人事、機構編制、勞動工資和教育工作，擬訂人事管理及干部監(jiān)督制度并組織實施。統(tǒng)籌管理機關和直屬單位機構編制，統(tǒng)籌管理工資、津貼補貼及直屬單位績效工資等。指導相關人才隊伍建設工作，統(tǒng)籌管理干部培訓，加強人才隊伍建設。承擔執(zhí)業(yè)藥師資格管理工作，負責執(zhí)業(yè)藥師資格準入管理，制定執(zhí)業(yè)藥師資格準入制度，指導監(jiān)督執(zhí)業(yè)藥師注冊工作。
二、處室設置及工作分工
（一）綜合處（培訓處）
負責司內綜合事務。統(tǒng)籌管理干部培訓。加強人才隊伍建設。
（二）干部一處
承擔機關機構編制管理工作。負責機關干部人事工作。擬訂機關公務員管理制度并組織實施。
（三）干部二處（工資處）
擬訂直屬單位干部管理制度并組織實施。統(tǒng)籌管理直屬單位機構編制。承擔執(zhí)業(yè)藥師資格管理工作。承擔工資管理工作。
（四）干部監(jiān)督處
擬訂干部監(jiān)督制度并組織實施。

機關黨委
一、機構職責
負責推進機關和在京直屬單位黨的政治建設、思想建設、組織建設、作風建設、紀律建設，把制度建設貫穿其中。對黨員進行教育、管理、監(jiān)督和服務。承擔黨風廉政建設和反腐敗工作。指導直屬機關群團組織開展工作，推進精神文明建設。承擔局黨組巡視工作，負責內部巡視的組織實施和中央巡視的協(xié)調配合。
二、處室設置及工作分工
（一）辦公室（統(tǒng)戰(zhàn)群工部）
負責機關黨委內部綜合事務。承擔直屬機關統(tǒng)戰(zhàn)和群團工作。
（二）組織宣傳部（精神文明辦公室）
負責直屬黨組織建設和黨員的教育管理和服務。承擔直屬機關黨的思想政治和精神文明工作。
（三）紀律檢查室
負責黨風廉政建設和反腐敗工作。履行監(jiān)督執(zhí)紀問責職責。承擔違犯黨紀案件審查工作。
（四）巡視辦
負責機關和直屬單位的巡視工作。承擔違犯黨紀案件審理和黨員申訴的受理工作。

離退休干部局
一、機構職責
負責機關離退休干部服務管理工作。負責機關離退休干部黨的建設，承擔機關離退休黨員干部教育管理監(jiān)督工作。負責落實機關離退休干部政治、生活待遇，組織開展文化活動。承擔機關離退休經費管理工作。指導直屬單位離退休干部工作。
二、處室設置及工作分工
（一）綜合處
負責離退休干部局綜合事務。承擔機關離退休經費管理工作。
（二）組織宣傳處（黨委紀委辦公室）
負責機關離退休干部黨的建設。承擔離退休干部局黨委、紀委日常工作和宣傳工作。
（三）生活服務處
負責機關離退休干部生活服務工作。組織開展離退休干部文化活動。